自清朝统治新疆以来，蒙古族在新疆各地的分布情况基本没有发生大的变化，这是与当时清朝的统治政策有关。清朝一方面以大分散的形式，将蒙古族分居北疆各地和南疆的巴音郭楞，另一方面，禁止蒙古各部各旗越界游牧，禁止相互联姻。清朝也不允许内 外蒙古地区的蒙古族迁居新疆，不允许他们与新疆蒙古族发生任何联系。目的在于强化封建统治，防止蒙古人民联合起来反抗清朝。清朝对蒙古各部实施区别对待的政策，吐尔扈特部地位最高，而作为准葛尔后裔的额鲁特人地位最低，他们除担负繁重的边防任务外，还为清朝经营官办牧厂，屯牧屯田。
清朝利用蒙古人笃信喇嘛教的特点，在蒙古地区大力推行喇嘛教。一时间，蒙古地区庙宇林立。很多蒙古人都去当喇嘛，这样就阻碍了蒙古地区的人口增长，再加上战乱灾荒等原因，自清朝以后，新疆蒙古族人口始终没有大的发展。最多时据说达到24万，而这也只能勉强接近准葛尔汗国时的三分之一。刚解放时，新疆蒙古族人口不及10万。清朝统治新疆后，零星有一些哈萨克族迁居新疆。而从19世纪七八十年代起随着沙俄在中亚的扩张，大批哈萨克族迁居新疆，而在苏联大清洗时代，更有大批的哈萨克族进入新疆。除巴音郭楞和和布克赛尔外，各地蒙古族都成为当地的少数民族。蒙古各部间的空隙地带成为哈萨克族的分布区，这样，新疆蒙古族的分散性进一步显示出来。解放后，建立的两州一县的自治地方，其蒙古族人口数仅占全疆蒙古族人口的55%。而其他蒙古地区，尤其额鲁特蒙古族地区，由于与哈萨克族人口相差悬殊，最终没能建立自治机构，只是相应的建立了一些民族乡。
现代，随着市场经济的发展，新疆蒙古族人口的分布呈现城市人口增加的趋势。近来，很多蒙古人迁居乌鲁木齐、库尔勒、昌吉等城市。蒙古族人民开始走出故地，积极融入市场经济的大潮中。
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